Contraindicado para pacientes que apresentam hipersensibilidade aos componentes da fórmula, nos casos de dermatoses provocadas por vírus ou por fungos, nas lesões cutâneas tuberculosas. Pacientes que apresentam tuberculose, insuficiência cardíaca congestiva (condição patológica em que o coração não consegue bombear o sangue suficientemente para o corpo todo), úlcera duodenal em atividade, hipertensão arterial (pressão sanguínea alta), psicoses (condição mental em que há perda de contato com a realidade), diabetes, infecções graves e nos três (3) primeiros meses de gravidez não devem usar Emistin. Este medicamento é contraindicado para menores de 3 anos de idade. Este medicamento é contraindicado para gestantes nos 3 primeiros meses de gestação.